Es uno de los sitios más bellos de la provincia guanajuatense, cargado de historia y tradición. Su fundación surgió de la necesidad de proteger y resguardar a los viajeros que transitaban entre Zacatecas y la capital del entonces reino de la Nueva España transportando principalmente minerales y que eran asediados por los nómadas indígenas.

Hacia el año de 1542 a partir de una humilde capilla y villa con el nombre Itzcuinapan “lugar de perros” que el fraile Juan de San Miguel estableció un territorio habitado por indígenas dedicándole como santo patrono al Arcángel San Miguel. Aquella primitiva población tuvo severos problemas con el abastecimiento de agua, y en 1551 los guamares de las sierras de Guanajuato atacaron el pueblo de San Miguel matando a 15 personas y causando su abandono temporal.

Posteriormente, el fraile franciscano Bernardo Cossin y un cacique indígena de nombre Fernando de Tapia, edificaron en su nuevo emplazamiento la nueva misión en la parte media de las colinas, entre los manantiales del chorro y los manantiales del Batán, en dirección poniente de otros veneros conocidos siglos después como la Ciénega de Pineda. La nueva misión se encontraba en el lugar que actualmente ocupa el templo de la Santa Escuela, conocido en el siglo XVIII como"parroquia vieja", que se hace constar en el plano de 1850 que corresponde a la relación de San Miguel, enviada a España a solicitud del rey (cuyo original se encuentra en la Biblioteca Real Academia de Historia de Madrid).

Los habitantes pues que fraile Bernardo logró reunir se establecieron en un buen número, cerca del presidio militar, el cual se localizaba en la parte oriente a la vera del camino de México a Zacatecas, dando lugar al sendero o vereda que conducía a la futura célebre Villa de San Miguel. Esta villa fue fundada sólo por españoles en San Miguel el Viejo, quienes posteriormente se retiraron a la parte alta en lo que se conoce como el barrio de la Santa Cruz Vieja. Su estructura urbana debió adaptarse a los aspectos topográficos del terreno, aunque procurando respetar una forma reticular a la manera de un tablero de ajedrez. Este aspecto a la larga le permitió crecer de una manera mesurada y armónica, que al paso de los siglos ha conservado su carácter original.

Su posición privilegiada en la ruta hacia las ciudades mineras de Guanajuato, San Luís Potosí y Zacatecas determinó su rápido desarrollo comercial y económico, el cual alcanzó un auge inusitado durante el siglo XVIII, época en que la ciudad adquirió la imagen señorial de bellas casonas, palacios y edificios religiosos que aún permanecen en pie, como mudos testigos de su glorioso pasado.

Al interior de esa atrayente imagen colonial, se alojan diversos palacios de la época verdaderamente notables. Entre los más sobresalientes se encuentran el Palacio Municipal, antiguamente la casa consistorial construida en 1736. La casa donde nació Ignacio Allende, ejemplo de la arquitectura barroca de la ciudad sobre todo en su portada, y que actualmente es el Museo Regional. La Casa del Mayorazgo de la Canal, con una bella portada neoclásica, fue concluida hacia fines del siglo XVIII por don José Mariano de la Canal y Hervas, regidor, decano y alférez real. La antigua casa solariega de don Manuel T. de la Canal, construcción de 1735 que fuera reacondicionada según un proyecto del ilustre arquitecto español don Manuel Tolsá en 1809; el edificio aloja actualmente al Instituto Allende y en él destacan la amplitud de sus patios interiores, una preciosa capilla y su extraordinaria arquería. La Casa del Inquisidor, que sirviera de residencia al comisionado del Santo Oficio y que data de 1780. La Casa del Marqués de Jaral de Berrio, construida a fines del siglo XVIII, y la de los Condes de Loja con su elegante portada.

Por lo que se refiere a la arquitectura religiosa, la ciudad también ostenta tesoros arquitectónicos de extraordinario valor, como la iglesia y convento de Santo Domingo, sobria edificación de 1737. El convento Leal de la Concepción, que en la actualidad es el Centro Cultural, es una edificación notable por sus enormes patios; fue construido en el siglo XVIII por el arquitecto Francisco Martínez Gudiño.

La capilla de la Santa Cruz del Chorro, una de las más antiguas; el templo de la Tercera Orden, que data de principios del siglo XVII. El hermoso conjunto del templo y oratorio de San Felipe Neri, de principios del siglo XVIII; la iglesia posee una exuberante portada barroca realizada en cantera rosa y con una decoración de fuerte influencia indígena. Su interior cuenta con una variada y rica decoración entre mobiliario, esculturas y pintura digna de admirarse, además de la espléndida capilla de la Santa Casa de Loreto y su Camarín de la Virgen, ambas exquisitamente decoradas y que se deben a la devoción del marqués Manuel Tomás de la Canal. Cercano al oratorio se encuentra el templo de Nuestra Señora de la Salud, construido en el siglo XVIII con su portada remetida coronada por una gran concha.

También entre los más vistosos de la ciudad, está el templo de San Francisco, del siglo XVIII, con su hermosa portada churrigueresca, y la famosa parroquia es casi un símbolo de San Miguel de Allende; aunque su construcción de estilo neogótico es más reciente, fue edificada sobre la estructura del antiguo templo del siglo XVII, respetando por entero su interior y su planta original.
Muy cerca de la ciudad se encuentra el santuario de Atotonilco, la fachada del edificio es lisa, con muros muy altos rematados por una arcada invertida, como formando un holán. Al entrar al templo el contraste es impactante: la nave principal y todas las paredes están decoradas con pinturas murales que representan infinidad de pasajes y personajes religiosos, sin guardar mucho orden y ningún espacio entre sí. Fueron hechas por un nativo del lugar, Miguel Antonio Martínez de Pocasangre, en un periodo de treinta años y utilizando únicamente la luz del día. Las facciones y el colorido de estas imágenes recuerdan las pinturas flamencas, representadas en estampas belgas, que los españoles trajeron a la Nueva España. Del interior del santuario, el 16 de septiembre de 1810, los insurgentes tomaron el estandarte de la Virgen de Guadalupe que sirvió de bandera en la lucha por la Independencia de México.
En este lugar nació, en 1769, el famoso insurgente Ignacio Allende, quien junto al padre Hidalgo, peleara afanosamente por la independencia del país.

El día 13 de septiembre de 1810, Ignacio Pérez llega a la ciudad para entregar el comunicado de la Corregidora de Querétaro, Josefa Ortiz de Domínguez, en el que informaba que la conspiración de Independencia había sido descubierta. Inmediatamente parten Juan Aldama e Ignacio Pérez hacia Dolores para comunicar lo ocurrido a Ignacio Allende y Don Miguel Hidalgo, que se encontraban en ese lugar. El día 16 de septiembre se acuartelan en San Miguel el Grande las fuerzas insurgentes, a las que se incorpora Mariano Abasolo, nombrándose a los oficiales de la tropa.
El 8 de marzo de 1826 el Congreso del Estado la convirtió en ciudad y le modificó el nombre que en lo sucesivo sería el de San Miguel de Allende, en honor al célebre insurgente.